병원행정관리자협회

의료기관의 조세관련 문제점 및 대책

  • 등록자 : 관리자
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  • 등록일 : 2006-02-13 00:00
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권성탁

주요약력

연세의료원 경리부장

2006년도 의료계의 화두는 아마도 의료산업을 국제경쟁력을 지닌 산업으로 육성하기 위한 각종 정책과 대응방안을 모색하는 한 해가 될 것이다. 이미 세계무역기구가 카타르의 Doha에서 의료시장 개방을 국제교역의 주요의제로 채택되었고 금융, 교육, 법률, 의료 등 서비스 시장개방이 2006년부터 단계적으로 시행될 전망이다. 의료서비스의 주요 쟁점은 원격의료, 해외소비, 의료기관 설립 운영, 자연인 이동 등이다. 따라서 의료시장 개방은 현실로서 우리 의료시장에 긍정적이든 부정적이든 많은 변화를 주게 될 것이다.

 

의료기관이 단지 자국민에 대한 건강수준을 보존하는 차원을 넘어 경제성장의 동력으로 발전하고 막대한 부가가치를 창출할 수 있는 산업으로 육성되기 위해서는 의료산업에 대한 패러다임의 변화가 필요한 시점이다. 

 

이러한 패러다임의 변화는 정부의 정책과 제도의 근본적인 변화를 통해 이루어 지는 것이 효과적이다. 즉 의료산업분야를 국가의 핵심전략산업으로 육성하고 국제적인 경쟁력과 정책적인 유인을 갖추기 위해서는 의료기관에 대한 조세의 체계정비도 시급한 과제중의 하나라고 볼 수 있다. 

 

2. 의료기관의 조세제도의 문제점 의료기관은 민간부분과 공공부분으로 나눌 수 있다. 민간부분은 다시 영리병원인 개인병원과 비영리인 학교법인, 의료법인, 사단⋅재단⋅사회복지법인등으로, 공공부분은 국공립, 시도립, 지방공사, 특수법인으로 나눌 수 있다. 개인병원을 제외한 의료기관은 의료법 시행령 제18조에 의거 “영리를 추구하여서는 아니 된다”고 규정하고 있다. 의료기관은 비영리를 추구하면서 의료보험수가의 통제라는 이중 구조로 인해 의료를 산업측면에서보다는 국민의 의료비를 절감하고 공공재의 역할을 강조함으로 인해 경제적 허브로서 발전시키지 못해 왔다는 점이다. 

 

첫째, 의료기관의 세무적인 성격은 비영리성과 영리성에 따라 구별하는 과세체계라는 점이다. 자본조달 능력이 미미한 개인병원에 대해서만 영리성을 허용하고 그 이외의 모든 의료기관에 대해서는 비영리법인으로 규정하고 있다는 점이다. 이에 반해 법인세법 제3조제2항 및 동법시행령 제2조에 의하면 의료업 자체를 수익사업으로 규정하여 법인세의 납부의무를 부과하여 과세함으로 사실상 일반 영리법인과 동일하게 과세된다는 점이다. 현재의 비영리병원에 있어서 자본조달의 원천이 의료수익에 의존하는 형태에서 영리기업과의 동일한 과세체계 연간과세표준이 1억원이하인 경우 13%, 1억원이 초과한 경우 1천300만원 + 1억원을 초과하는 금액의 25%를 세율로 규정하고 있다. 의료산업에 있어 경쟁력을 갖추기 어렵다는 사실이다. 따라서 의료의 공공성과 보험수가의 규제 등을 감안하여 시급히 법인세율을 인하하는 조치가 필요하다. 

 

둘째, 비영리법인을 다시 공익법인으로 분류하여 조세특례 혜택을 주고 있는 체계이다. 비영리법인중에서도 상속⋅증여세가 면제되는 공익사업으로 학교법인, 사회복지법인, 의료법인 등을 포함하고 있다. 이는 공익사업을 최대한 지원하고자 공익법인에 대한 특례규정을 마련하여 과세대상에서 제외하고 있다. 즉 수익사업에서 생긴 소득에 대해서만 제한적으로 법인세를 납부할 의무가 있으며, 청산소득에 대해서는 납세의무가 없다. 또한 비영리법인의 조세특례제도중 하나가 고유목적사업 고유목적사업이란 법령 또는 정관에 규정된 설비목적을 직접 수행하는 사업으로서 법입세법시행령 제2조제1항의 수익사업외의 사업을 말한다. 준비금 손금산입이다. 특히 사회복지법인⋅학교법인⋅국립대학병원⋅서울대병원은 수익사업소득의100%를 고유목적사업준비금의 손금산입과 교육연구비로의 전입시 비과세 할 수 있다는 점이다. 그러나 의료법인과 재단법인 등은 수익사업소득의 50%만이 세제상의 혜택을 볼 수 있다. 따라서 의료기관 조세의 형평성을 제고하는 차원에서도 고유목적사업준비금도 동일하게 100% 적용될 수 있도록 조정되어야 할 것이다. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 법인이 5년 내에 고유목적사업 등에 사용하지 아니하거나 5년이 되기 전에 당해 준비금을 환입하는 경우에는 이자상당액을 당해 사업 연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. 

 

셋째, 동일한 범주의 의료기관 내에서도 법인운영 형태에 따라 세제혜택이 다르게 규정되어 있다. 국세측면에서 의료기관 관련 세목은 소득세, 법인세, 부가가치세, 상속세, 양도소득세 등이 있다. 비영리법인에 대한 정부의 지원이 전무한 상태에서 의료법인은 법인세, 부가가치세, 양도소득세를 납부해야 하고, 학교법인과 공공의료법인은 법인세를 납부하여야 한다. 특히 중소의료법인은 여러 가지 제도적·현실적 측면에서 개인병원은 물론 학교법인이나 사회복지법인과도 다른 처지에 놓여 있기 때문에, 경기불황의 여파와 제도적 문제점으로 인해 도산이 속출하는 등 악화일로를 걷고 있는 중소의료법인 등을 살리기 위한 조세체계가 마련되어야 한다. 의료법인의 의료용역에 대해 부가가치세가 면제됨에 따라 매입세액을 공제받지 못하고 있으며, 특별소비세법 제18조의 의해 특별소비세가 면제된다. 그러나 중소의료법인은 ‘비영리’임에도 불구하고 학교법인 등과 비교해 상대적으로 높은 세금을 납부하고 있어 ‘역차별’ 논란이 일고 있으며, 의료기기 수입이나 각종 의료봉사활동 전개에 집행된 자금에 대한 감세 혜택도 적은 실정이다. 따라서 중소의료법인에 대해서만이라도 학교법인등이 비슷한 세제혜택을 볼 수 있도록 개선하는 제도적인 장치가 필요하다.

 

넷째, 지방세 측면에서도 의료기관내에서도 법인운영 형태에 따라 세제혜택이 다르게 규정되어 있다는 점이다. 지방세로는 재산세, 면허세, 취득세, 등록세, 사업소세등이 있다. 비영리법인의 고유목적사업에는 지방세법 제287조(국민건강증진사업자등에대한감면)에 의해 취득세등 지방세를 부과하지 않는 것을 원칙으로 하고 있다. 다만, 예외적으로 고유목적사업에 사용하지 않거나 수익용으로 사용하는 경우에는 취득세, 등록세, 재산세등 지방세를 부과한다. 개인병원은 별도의 감면조항이 없으므로 모두 과세가 원칙이며, 비영리법인 중에서도 사단법인과 재단법인도 개인병원과 동일하게 과세하고 있다는 점이다. 의료법인은 사업소세중 종업원할만 납부하고 있으며, 사회복지법인은 사업소세를 납부하고 있다. 반면 학교법인 및 국립대병원은 모두 비과세 혜택을 받고 있다는 점이다. 지방세법 제287조 제2항에서는 의료법 제41조 규정에 의하여 의료법인이 의료업에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세, 종합토지세, 도시계획세 및 공동시설세가 면제하도록 하고 있다. 반면 학교법인병원, 국립대학병, 서울대병원은 취득⋅등록⋅재산세등 용도구분에 의한 세금면제 혜택을 주고 있다. 

 

3. 의료기관 조세정책의 방향 국내 의료시장의 조속한 체질 개선과 국제경쟁력 강화를 위해서 정부의 과감한 결단이 필요한 시점이다. 싱가포르는 의료사업을 적극 육성하여 동남아 의료허브로 성장시켰으며, 의료산업육성의 동력은 정부의 지원과 주식회사형 병원산업의 육성 때문이라는 점이 부각되었다. 싱가포르와 함께 중국에서도 주식회사형 병원을 중심으로 세계적 수준의 의료산업을 육성하려고 한다는 내용들이 계속 보도되면서 영리법인의 의료업 진출이 의료산업 육성의 키워드로 나타나고 있다. 따라서 그동안 의료정책의 일대 변화를 가져와야 한다. 우리 의료시스템은 병을 길러서 각 의료기관이 나누어 값싼 가격으로 치료해 주는 시스템으로는 외국의 경쟁자와 대적할 수 없다. 따라서 병원을 공익기관과 사익기관으로 구분하여, 의료법인 등 비영리병원은 공익기관으로 인정하여 이에 합당한 지원 즉 국공립병원에 준하는 면세, 시설 장비, 운영비(취약지역 병원), 연구개발 및 교육, 응급실, 자선적 진료 등에 적극 지원하고 공익기능을 확대해야 한다. 또한 국세와 지방세도 공공의료법인, 비영리법인, 개인병원마다 다르게 나타나고 있음을 알 수 있었다. 정부에 의한 수가통제와 의료의 비영리성을 명시하면서도 일반기업과 동일한 법인세의 적용, 병원 형태별로의 조세형평성의 차이 등이 나타남에 따라 이를 시정하는 조치가 필요하다. 의료기관은 설립목적 취지에 의하여 의료행위에 대한 질적 향상을 위해 각종 지출행위에 대해 조세혜택을 주어야 하는 것은 당연한 것으로 인정되어야 한다. 의료기관은 그 설립목적이 영리목적에 있는 것이 아니므로 의료기관이 얻는 소득에 대해서는 법인세가 면제되거나 또는 기타 영리기관보다 낮은 세율을 적용함으로서 조세부담을 경함하는 조세제도를 실시하여야 한다. 의료기관의 공익성과 특수성에 의하여 부가가치세를 면제하고 의료서비스 원가를 낮추어 병원경영의 부실을 억제할 수 있는 조세제도를 실시하여야 한다.

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